Командующий Ленинградским фронтом решил ударом 2-й ударной армии из района Тарту разгромить противостоявшие соединения 2-го армейского корпуса противника и, развивая наступление в северном и северо-западном направлениях, выйти на рубеж Раквере, Тапа, т. е. в тыл главным силам оперативной группы «Нарва» (3-й танковый корпус СС), оборонявшимся на Нарвеком перешейке, и совместными действиями с 8-й армией и Краснознаменным Балтийским флотом уничтожить их. В последующем войска.фронта должны были развивать наступление в направлениях на Таллин и Пярну и, освободив столицу Эстонии, выйти на побережье Балтийского моря и Рижского залива. Ударная группировка левого крыла фронта состояла из 2-й ударной армии и подвижной группы (три танковые бригады, три отдельных танковых полка, два самоходно-артиллерийских полка).

В соответствии с принятым решением командующий фронтом поставил войскам следующие задачи:

2-я ударная армия [В состав армии входили: 30-й гвардейский, 8-й эстонский, 108, 116 и 118-й стрелковые корпуса и 14-й укрепленный район. 118-й стрелковый корпус с 20 сентября был выведен в резерв Ставки Верховного Главнокомандования. ], которой командовал генерал-лейтенант Федюнинский И. И., должна была прорвать оборону противника на двух участках: силами двух стрелковых корпусов на 9-километровом участке в районе 20 км восточнее Тарту с форсированием р. Эма-йыги и одним стрелковым корпусом — на 6-километровом участке перед плацдармом северо-восточнее Тарту.

В первый день наступления армия имела задачу разгромить противостоявшего противника и, продвинувшись на глубину 12—18 км, выйти на линию Коса, Пухталева, Ныэла, обеспечив ввод в прорыв подвижной группы фронта с рубежа р. Аммэ.

В последующем армия должна была силами двух корпусов развивать главный удар в северном направлении вслед за подвижной группой фронта и не позднее четвертого — пятого дня наступления овладеть рубежом Муствэ, Туймыйза, мз. Ваймаствере.

В дальнейшем имелось в виду главной группировкой армии наступать на Раквере и Тапа, а частью сил — вдоль побережья Чудского озера в направлении Авинурмэ, Тудулинна. С прорывом тактической глубины обороны противника имелось в виду частью сил наступать в западном направлении с целью обеспечения действий главной группировки армии с запада и к исходу четвертого — пятого дня операции овладеть рубежом Айду, Йыуне (10 км юго-восточнее Айду) и далее по р. Педья до оз. Выртс-ярв, а в дальнейшем выйти на р. Пыльтсама и закрепиться на ней.

Подвижные войска фронта предназначались для ввода в прорыа с рубежа р. Аммэ с задачей выйти на фронт Вытиквэре, Раествэре и, развивая удар в северном направлении, овладеть рубежом Авинурмэ, Симуна, обеспечив тем самым выход войск 2-й ударной армии на этот рубеж; в дальнейшем — развивать наступление в направлениях на Раквере и Тапа.

8-я армия под командованием генерал-лейтенанта Старикова Ф. Н., располагавшаяся на Нарвском перешейке, должна была вести подготовку к переходу в наступление в своей полосе в случае ослабления группировки противника или его Отхода.

Краснознаменный Балтийский флот получил задачу огнем кораблей 25-й отдельной бригады речных катеров на Чудском озере и огнем кораблей флота в Финском заливе содействовать наступлению 2-й ударной и 8-й армий. Кроме того, было приказано силами 2б-й отдельной бригады речных катеров подготовить десантную операцию по высадке одной стрелковой дивизии 8-й армии на северном побережье Чудского озера, т. е. в тылу нарвской группировки противника.

Общая глубина фронтовой операции Ленинградского фронта определялась в 270—300 км. Глубина ближайшей задачи фронта — выход на рубеж Раквере, Тапа — равнялась 110 км, глубина дальнейшей задачи фронта—160 — 190 км.

Командующий 3-м Прибалтийским фронтом решил создать две ударные группировки войск. Главная ударная группировка создавалась в составе 67-й и 1-й ударной армий (всего 14 стрелковых дивизий) и 10-го танкового корпуса. Она должна была, форсировав р. Вяйке-Эма-йыги, прорвать оборону противника на 20-километровом участке восточнее Тырвы и развивать удар в общем направлении Валмиера, Цесис. Вторая ударная группировка создавалась из войск 54-й армии (всего четыре стрелковые дивизии) и должна была, форсировав р. Гауя, прорвать вражескую оборону на 8-километровом участке южнее Харглы и развивать удар в направлении Смилтэнэ, Рауна.

Главная ударная группировка фронта развертывалась в одном эшелоне. 61-я армия под командованием генерал-полковника Белова П. А. должна была вводиться в сражение в полосе войск левого крыла фронта с целью развития наступления в направлении Риги. Конкретная задача 61-й армии была определена уже в ходе операции. В резерв командующего фронтом выделялась одна стрелковая дивизия, которая располагалась на левом крыле фронта.

В первые два дня операции обе ударные группировки должны были прорвать оборону противника на глубину до 35 км, т. е. темп наступления войск планировался до 18 км в сутки. Обеспечение действий главной ударной группировки с севера должно было осуществляться наступлением одного стрелкового корпуса 67-й армии в общем направлении на Вильянди. Ввод в прорыв 10-го танкового корпуса намечался с выходом общевойсковых соединений главной ударной группировки на глуби ну 50 км. Танковый корпус имел задачей в зависимости от обстановки развивать успех в направлении Руйена, Мазсалаце, Озолы или в направлении Эвелэ, Валмиера, мз. Страупе (20 км западнее Цесиса).

К исходу четвертого дня наступления войска фронта должны были выйти на рубеж Мазсалаце, Цесис, т. е. продвинуться на глубину до 90 км.

Таким образом, средний темп наступления войск фронта за четыре дня операции планировался 22,5 км в сутки.

Следует отметить, что такое завышение темпов наступления войск фронта явилось следствием известной недооценки сил и характера подготовленной обороны противника. Как показал ход операции, войска фронта не достигли запланированных командующим фронтом темпов.

Командующий 2-м Прибалтийским фронтом решил прорвать оборону противника на 29-километровом участке фронта западнее Мадоны.