9-я армия под командованием генерал-майора Гречкина А. А. должна была нанести удары центром вдоль берега р. Кубань на Курчанскую, Темрюк и левым флангом — на Кеслерово с целью разгрома левофланговых соединений 17-й немецкой армии и содействия войскам

56-й армии в овладении сильным узлом обороны противника Киевское. 56-я армия под командованием генерал-лейтенанта Гречко А. А. имела задачу прорвать оборону врага на участке Киевское, Молдаванское и развивать наступление на Гладковскую, Гостагаевскую. Одновременно армия должна была частью сил овладеть Ниж. Баканский и во взаимодействии с частями 18-й армии развивать наступление на Верх. Баканский. С выходом на р. Кудак войска армии имели также задачу обеспечить ввод в прорыв подвижной группы фронта в составе двух танковых бригад, которая должна была нанести удар на Варениковскую, а в последующем в направлении Анапа, отрезая пути отхода противника и уничтожая его отступавшие колонны.

Подготовку к наступлению 9-я и 56-я армии должны были закончить к 7 сентября, начало их действий зависело от развития операции на новороссийском направлении. С 5 сентября войскам 9-й и 56-й армий надлежало боем разведывательных отрядов уточнить характер вражеской обороны и этим отвлечь внимание противника от готовившегося удара по Новороссийску.

Наибольший интерес представляет подготовка операции на новороссийском направлении. По директиве командующего фронтом войска 18-й армии должны были нанести удар по Новороссийску с востока и юга и одновременно высадить морской десант в порту. Совместными действиями ударные группы и десант должны были овладеть городом Новороссийск и затем развивать наступление через Гайдук на Верх. Баканский, Анапа.

Для выполнения этой задачи командующий 18-й армией создал две сухопутные ударные группы и группу десантных войск. Восточная ударная группа в составе 318-й стрелковой дивизии (без одного стрелкового полка), усиленной штурмовым отрядом 55-й гвардейской стрелковой дивизии и восемью танками, должна была атаковать противника в направлении цементного завода «Пролетарий» и во взаимодействии с десантным отрядом № 3 (полк 318-й стрелковой дивизии), высаживающимся на северо-восточном берегу гавани, овладеть предместьем города Адамовича Балка и в дальнейшем развивать наступление на предместье Мефодиевский (схема 36). Западная ударная группа (на мысхакском плацдарме) в составе двух бригад имела задачу атаковать Новороссийск с юга и во взаимодействии с десантным отрядом № 1 (255-я бригада морской пехоты), высаживающимся на западном берегу гавани и бухты, овладеть западной частью Новороссийска, а в дальнейшем во взаимодействии с другими группами полностью очистить Новороссийск от противника. Группа десантных войск общей численностью 6000 человек, 40 орудий (76-мм и 45-мм), 105 минометов и 58 станковых пулеметов была разбита на три отряда. Отряды № 1 (255-я бригада морской пехоты) и № 3 (1339-й стрелковый полк 318-й стрелковой дивизии) высаживались соответственно на западном берегу гавани и бухты и в восточной части самой гавани и должны были тесно взаимодействовать с сухопутными ударными группами при бое за Новороссийск; отряд № 2 (393-й отдельный батальон морской пехоты и 290-й стрелковый полк НКВД) имел задачу высадиться на северном берегу гавани, занять район железнодорожного вокзала и установить связь с отрядом № 1, а в дальнейшем выйти на северо-западную окраину предместья Мефодиевский. Для переброски десанта морем и его обеспечения было выделено из состава Черноморского флота 147 боевых кораблей, вспомогательных судов, ботов и баркасов, которые были объединены в отряды и группы.

Отряды и группы кораблей формировались из различных типов плавучих средств в соответствии с боевым составом высаживаемого десанта и задачами по обеспечению его высадки. Отряд обеспечения высадки включал сорок катеров (из них тридцать два торпедных) и состоял из четырех групп: прорыва, атаки берега, атаки порта, прикрытия операции с моря. Группам были поставлены следующие задачи:

• группе прорыва — уничтожить боно-сетевые заграждения во входных воротах порта, торпедированием расширить имевшиеся проломы в восточном и западном молах и проделать в них проходы для катеров с десантом;
• группе атаки берега — торпедировать место высадки десантного отряда № 1;
• группе атаки порта — ворваться в порт и торпедировать место высадки десантного отряда № 3 в гавани;
• группе прикрытия операции с моря — не допустить прорыва кораблей противника в Цемесскую бухту, обеспечивая операцию от ударов противника со стороны моря.

Отряд кораблей артиллерийской поддержки в составе трех эсминцев имел задачу в момент высадки десанта огнем корабельной артиллерии подавить артиллерию противника в районе Южн. Озерейка, Глебовка, Васильевна.

Артиллерийское обеспечение высадки десанта и прорыва обороны противника в районе Новороссийска осуществлялось войсковой артиллерией 18-й армии, артиллерией Резерва Верховного Главнокомандования и артиллерией Новороссийской военно-морской базы. Всего для обеспечения наступательной операции на новороссийском направлении было привлечено 800 орудий и минометов калибра 76 мм и выше и 227 установок реактивной артиллерии. В течение 15 суток до начала операции группа артиллерии разрушения (50 орудий калибра 152 мм и 203 мм) должна была методическим огнем разрушать оборонительные сооружения противника. Артиллерийскую подготовку планировалось начать за 16 минут до высадки десанта, а перенос огня в глубину за минуту до высадки.

Подход судов и высадка десанта обеспечивались заградительным огнем артиллерии (с суши) по береговой черте с последующим переносом огня в глубину. При этом каждый десантный отряд обеспечивался огнем поддерживающей его подгруппы артиллерии с плотностью от 20 до 40 орудий на 1 км фронта. Корректирование огня осуществлялось специальными постами, снабженными радиостанциями, которые высаживались одновременно с десантом.