Артиллерия часто отставала от боевых порядков стрелковых частей, что вынуждало пехоту преодолевать сопротивление противника на промежуточных рубежах своими средствами. Это влекло за собой излишние потери и занимало много времени.

Танки непосредственной поддержки пехоты при действии в тумане часто теряли направление, не могли ориентироваться и многие из них подрывались на минных полях противника. Пехота, лишенная поддержки артиллерии и танков, залегала.

Серьезные недостатки имелись также в использовании вторых эшелонов дивизий и корпусов. Они зачастую вводились в бой с опозданием и, как правило, не оказывали значительного влияния на ход боя. Это происходило потому, что ввод в бой вторых эшелонов не всегда был хорошо и правильно организован. Плохо организовывалась огневая подготовка их ввода. Одной из причин этого явилось отсутствие полковых артиллерийских групп в стрелковых полках вторых эшелонов дивизий.

Нерешительное и несвоевременное использование вторых эшелонов и резервов давало возможность противнику подводить свои резервы, закрепляться на промежуточных рубежах и усиливать сопротивление.

Несмотря на ряд недочетов, имевших место при организации и ведении боев, в целом Восточно-Прусская наступательная операция обогатила советское военное искусство ценным опытом действий войск при прорыве укрепленных районов в сложных метеорологических условиях.