В замыслах советского командования по уничтожению группировок противника в районе Кенигсберга и южнее его предусматривалось рассечение их на части и уничтожение каждой части в отдельности. Однако осуществить рассечение нашим войскам не удавалось. Одной из главных причин являлось то, что на направлении наступления наших войск не удавалось наносить мощные первоначальные удары, которые обеспечили бы высокие темпы наступления. Вследствие этого немецко-фашистское командование при угрозе рассечения той или иной группировки успевало отводить свои войска на следующий оборонительный рубеж. Так, например, в феврале противник отвел свои войска из района Прейсиш Айлау и в марте — из района Браунсберга.

В ходе Восточно-Прусской операции войскам 2-го Белорусского фронта приходилось отражать контрудары противника, накосившиеся с целью пробить коридор для соединения части сил, зажатых южнее Кенигсберга, с войсками, действовавшими на левом берегу Вислы. Контрудары врага вынудили командование 2-го Белорусского фронта снять 5-ю гвардейскую танковую армию и 8-й, механизированный корпус с внешнего фронта окружения и перегруппировать их на новое направление. Кроме того, против наступающего противника был использован 8-й гвардейский танковый корпус из резерва фронта. Своевременное выдвижение этих сил позволило сорвать замыслы немецко-фашистского командования.

Для проведения Восточно-Прусской операции советское командование привлекло значительные силы авиации, что обеспечило подавляющее превосходство в авиации над противником. Однако полностью использовать всю мощь нашей авиации не удавалось. В период прорыва, с 13 по 18 января, возможности авиации использовались менее чем на 25%, причем в отдельные дни авиация совершенно не действовала. В период преследования, с 19 по 26 января, возможности авиации использовались лишь на 12,5%. Метеорологические условия ограничивали действия авиации также и в период уничтожения окруженных группировок противника. Так, например, за первые шесть дней боев южнее Кенигсберга авиация действовала лишь один день (18 марта).

Исторический опыт показывает, что успешные действия на приморских направлениях находятся в прямой зависимости от степени активности флота наступающего. При этом особое значение приобретают действия флота по срыву снабжения и эвакуации отсеченных и прижатых к морю группировок противника. В Восточно-Прусской операции вследствие тяжелой минной обстановки и недостатка сил Краснознаменного Балтийского флота нарушить морские коммуникации противника не удалось.

Для обеспечения Восточно-Прусской операции из глубины страны на фронтовые распорядительные станции было подано 2369 поездов, из них с боеприпасами 299 поездов и с горючим 152 поезда. Непрерывный поток материальных средств для обеспечения Восточно-Прусской операции продолжался и в ходе ее осуществления. Так, 3-му Белорусскому фронту было подано за время операции 1000 поездов, в том числе с боеприпасами 239 и с горючим 158. 2-му Белорусскому фронту только с 14 января по 10 февраля было подано 655 поездов, из них 73 с боеприпасами и 50 с горючим. Подвезенные материальные средства обеспечивали потребности фронтов.

Разгром группировки противника в Восточной Пруссии, связанный с прорывом сильной обороны, насыщенной долговременными сооружениями, повлек большие потери в людях и материальных средствах.

Так, в период с 13 января по 10. февраля санитарные потери 3-го Белорусского фронта составили 22% от списочной численности личного состава фронта, а среднесуточные потери достигали 0,76% (в Белорусской операции среднесуточные потери 3-го Белорусского фронта не превышали 0,4%). Наибольшие потери имели 5-я армия (44%) и 28-я армия (37%). В ходе дальнейших боевых действий потери оставались такими же большими. Потери 2-го Белорусского фронта с 14 января по 10 февраля составили 15,4% от списочного состава фронта, а среднесуточные потери достигали 0,55%. Наибольшие потери понесли 3, 48, 65 и 70-я армии (от 19,5 до 24,3%).

Высоки были потери и в танках. Например, 3-й Белорусский фронт за время с 13 января по 29 марта безвозвратно потерял 1189 танков и самоходно-артиллерийских установок, что составляет свыше 93% наличия боевых машин к началу операции. 5-я гвардейская танковая армия с 17 января по 1 марта потеряла безвозвратно около 60% боевых машин.

Различные условия, в которых действовали фронты, вызвали различный расход боеприпасов. Об этом свидетельствуют такие данные. Расход боеприпасов с 13 января по 10 февраля в 3-м Белорусском фронте составил от 2,5 до 3,5 боевого комплекта, а во 2-м Белорусском фронте — от 1,2 до 2,5 боевого комплекта. При этом расход снарядов калибра от 122 мм и выше достигал в 3-м Белорусском фронте от 2,7 до 4,23 боевого комплекта, а во 2-м Белорусском фронте — от 1,4 до 2,7 боевого комплекта. Как видно, расход боеприпасов в 3-м Белорусском фронте значительно превышал расход боеприпасов во 2-м Белорусском фронте.

Ожесточенное сопротивление врага, опиравшегося на заранее подготовленные и «развитые в глубину рубежи обороны, а также неблагоприятные метеорологические условия оказывали существенное влияние на организацию и ведение наступательных боев частей и соединений.

Следует отметить, что к действиям в таких условиях войска не были подготовлены, и это сразу сказалось на эффективности огня артиллерии, на темпах наступления пехоты и танков.

Вследствие плохой видимости огневые средства противника, в том числе и артиллерия, в ходе артиллерийской подготовки не были подавлены. Огонь нашей артиллерии и минометов не наблюдался и велся только по заранее подготовленным данным. Туман сильно мешал действиям орудий сопровождения, самоходно-артиллерийских установок и танков. Они не могли подавлять оживающие огневые точки врага. Туман затруднял определение положения своих стрелковых подразделений. Во избежание поражения своих войск артиллеристы вели огонь на увеличенных прицелах, что также снижало действенность огня артиллерии и минометов.